Uemura Tsune (Shōen) nace el 23 de abril de 1875 en Kioto, en la tienda de té Chikiriya, regenteada por su familia en Shijō-dōri Gokōmachi, Shimogyō-ku. Es la segunda hija de Uemura Tahei y Uemura Naka; el padre muere dos meses antes de su nacimiento, y es la madre quien queda a cargo del negocio y de la crianza de las dos hijas sin volver a casarse. En 1881 ingresa a la escuela primaria Kaichi, anexa al templo Bukkōji. A los doce años, en 1887, entra en la recién creada Escuela de Pintura de la Prefectura de Kioto, bajo la tutela de Suzuki Shōnen. Al año siguiente, cuando Shōnen renuncia a su cargo en la escuela oficial tras desavenencias con la dirección, ella lo sigue y pasa a integrar su academia privada, donde permanece como interna; en total, contando los años de escuela oficial, estudia con él seis años, de los doce a los dieciocho. En sus propios escritos, recogidos después en la colección de ensayos Seibishō, recordaría las reuniones mensuales que organizaban conjuntamente las escuelas de Suzuki Hyakunen y de su hijo Shōnen en un restaurante llamado Botanbatake, cerca de Hiranoya, en el parque Maruyama: cada alumno mostraba allí su obra y el maestro corregía en el acto, con frases breves y directas como "a esta línea le falta fuerza" o "aquí hace falta más pigmento".
En 1890, con quince años, presenta la obra Shiki Bijin-zu (四季美人図), hoy perdida, en la Tercera Exposición Nacional de Fomento a la Industria, y la pieza es adquirida por el príncipe Arturo, duque de Connaught, hijo de la reina Victoria, que se encontraba de visita en Japón. La prensa local la presenta como una niña prodigio, y la familia, que hasta entonces había recibido críticas de parientes por permitirle estudiar pintura en lugar de casarse, empieza a respaldarla abiertamente. La obra original de esa exposición queda hoy sin paradero conocido; existe, sí, una versión posterior del mismo tema, de hacia 1892, conservada en el Museo Kō, ya que Shōen repitió el motivo en más de una ocasión por encargo de distintos compradores.
En 1893 pasa a estudiar con Kōno Bairei, con el permiso de Suzuki Shōnen, pese a que ambos maestros mantenían una relación de rivalidad conocida en el círculo de pintores de Kioto. Ese mismo año un incendio originado en la vivienda vecina destruye la casa familiar, y se mudan a Takakura Takoyakushi, en el distrito de Nakagyō. Por esa época empieza también a estudiar los clásicos chinos con el confuciano Ichimura Suikō y poesía con Nagao Uzan. En 1895 muere Bairei, y sus discípulos se reparten entre los cuatro pintores considerados sus principales herederos: Kikuchi Hōbun, Taniguchi Kōkyō, Tsuji Kakō y Takeuchi Seihō. Ella elige seguir a este último, que llegaría a ser considerado la máxima figura de la pintura de Kioto de su generación, comparado en fama con Yokoyama Taikan en Tokio; el propio Seihō recorrería más tarde un camino institucional similar al que ella emprendería después, al ser nombrado miembro de la Academia Imperial de Bellas Artes en 1919 y recibir la Orden de la Cultura en 1937. Al año siguiente se muda a Shijō Sakaimachi Agaru.
En 1900 obtiene una medalla de plata en un certamen conjunto de la Nihon Kaiga Kyōkai y la Nihon Bijutsuin Rengō Kyōshinkai, resultado que termina de consolidar su posición como pintora profesional. De esos mismos años se conservan, en el Museo de Arte Fukuda de Kioto, las obras Ikka Waraku no Zu (一家和楽之図), de 1897, Yokugo Bijin-zu (浴後美人図), hacia 1900, y Jinsei no Hana (人生の花), hacia 1902. En 1902 nace su hijo, inscripto como Shintarō y conocido más tarde, ya como pintor, con el nombre de Uemura Shōkō; la identidad del padre nunca se hace pública, y ella cría al niño sola, en un contexto social donde la maternidad fuera del matrimonio era motivo de censura abierta. Shōkō seguiría el mismo oficio que su madre y, con los años, recibiría también la Orden de la Cultura. Al año siguiente se muda a Kurumaya-chō Oike, también en Nakagyō.
En 1907 se establece el Bunten, la exposición oficial organizada por el Ministerio de Educación, en la que expone regularmente desde su primera edición. En 1914 termina de construir un atelier de dos plantas en Ma-no-machi Takeyachō; el propio Takeuchi Seihō bautiza el estudio con el nombre Seikaken, comparando su dedicación reclusa al trabajo con la vida de un ermitaño que se alimenta de niebla. Ese mismo año pinta Musume Miyuki (娘深雪), retrato de la protagonista del drama jōruri Shō-utsushi Asagao Banashi (正写朝顔話), hoy en el Museo de Arte Adachi. Hacia 1914 comienza además a estudiar canto de teatro Noh con el maestro Kongō Iwao. En 1915 presenta en el noveno Bunten la obra Hanagatami (花がたみ), inspirada en la pieza Noh homónima, hoy en el Museo de Arte Shōhaku; para resolver el rostro de la protagonista, sumida en un estado de locura tras la pérdida de su amante, consultó con Kongō Iwao, quien le explicó la técnica del doigan, la aplicación de pigmento dorado en el reverso del ojo que se usa en las máscaras Noh para representar los celos, y ella la trasladó al lienzo iluminando el interior de los ojos de la figura. En 1918 pinta Honoo (焔), inspirada en la pieza Noh Aoi no Ue (葵上) y en el personaje de Rokujō no Miyasudokoro; para estudiar la expresión de un rostro fuera de sí visitó un hospital psiquiátrico de Kioto y dibujó directamente a una paciente internada, según el testimonio posterior de su hijo Shōkō. Esa obra se conserva hoy en el Museo Nacional de Tokio. En 1922 pinta Yōkihi (楊貴妃), inspirada en el poema Chang Hen Ge (長恨歌) de Bai Juyi, hoy en el Museo de Arte Shōhaku.
En 1934, en febrero, muere su madre, Naka, que la había sostenido económica y socialmente durante toda su carrera, y ese mismo año pinta una obra en su memoria. En 1936 pinta Jo no Mai (序の舞), un retrato de una joven con abanico en actitud de danza, para el que posó su nuera, esposa de su hijo Shōkō; la presenta en la exposición del Bunten reorganizado ese año como Shin Bunten, y el gobierno la compra para la colección de la actual Universidad de las Artes de Tokio, donde sería declarada más tarde Bien Cultural Importante. En 1937 presenta en la misma institución Sōshi Arai Komachi (草紙洗小町), inspirada en la pieza Noh homónima, y pinta también Kinuta (砧), inspirada en otra obra Noh, hoy en el Museo Yamatane. En 1940 pinta Tsuzumi no Ne (鼓の音), conservada en el Museo de Arte Shōhaku. En 1941, en julio, es nombrada miembro de la Academia Imperial de Bellas Artes, y entre octubre y diciembre viaja a China junto a la pintora Mitani Toshiko, invitada por el Ferrocarril de China Central, como parte de una misión oficial de visitas a las tropas imperiales desplegadas en el continente. En 1942 muere su maestro Takeuchi Seihō. En 1943 publica su primera colección de ensayos autobiográficos, Seibishō (青眉抄).
El primero de julio de 1944 es nombrada Artista de la Casa Imperial. En febrero de 1945, cuando la guerra se recrudece, se traslada junto a su hijo al atelier de este en Heijō, dentro del entonces distrito de Ikoma, en la prefectura de Nara: la villa, llamada Reikinsō, había sido sugerida por Shōkō, y aunque al principio a ella le costaba dejar Kioto, terminó por instalarse allí de forma permanente incluso después del fin de la guerra. En 1946 integra el jurado de la primera edición del Nitten, sin presentar obra propia. En 1948 recibe la Orden de la Cultura, convirtiéndose en la primera mujer en la historia de Japón distinguida con esa condecoración. Muere el 27 de agosto de 1949 en Reikinsō, de cáncer de pulmón, a los setenta y cuatro años; es distinguida póstumamente con el Rango Junior Cuarto de la corte, y recibe el nombre budista póstumo Jukei-in Shakuni Shōen. Su última obra, inconclusa, se exhibe ese mismo año en una muestra de grandes maestros del arte contemporáneo organizada por los grandes almacenes Matsuzakaya. Tras su muerte, Reikinsō queda deshabitada hasta que en 1953 su nieto Atsushi Uemura, entonces de veinte años, recién ingresado en la Universidad Municipal de Bellas Artes de Kioto, se instala en la villa, donde continúa viviendo. En 1994 abre en Nara el Museo de Arte Shōhaku, dedicado a reunir la obra de las tres generaciones de pintores de la familia: ella, su hijo Shōkō y su nieto Atsushi.