Ferdinand Hodler nació el 14 de marzo de 1853 en Berna, en una familia de recursos modestos; fue el mayor de varios hermanos y su infancia estuvo marcada por la enfermedad y la muerte en la familia: su padre, Johan(n) Hodler, ejercía la carpintería y murió cuando Ferdinand era niño, y su madre, Margarete Neukomm, falleció cuando él aún era adolescente, circunstancia que dejó al joven en situación de orfandad y necesidad temprana. Creció en el seno de una familia ampliada tras el nuevo matrimonio de su madre con un pintor decorador, y desde muy joven fue empleado en tareas de pintura comercial y decoración que le proporcionaban medios de vida.
En 1868 inició una formación práctica con el pintor de vedutas Ferdinand Sommer en Thun, aprendizaje que lo preparó para la producción de vistas alpinas destinadas a un público turístico; años más tarde, en 1871–1872, se trasladó por su cuenta a Ginebra para dedicarse profesionalmente a la pintura, donde copia obras en museos y completa su formación: en 1873 fue aceptado como alumno de Barthélemy Menn en la École de Genève, estudio que ejerció influencia en su técnica y conocimientos de dibujo, mientras realizaba viajes de estudio por Suiza y Alemania y, en 1878, una estancia en Madrid para estudiar las colecciones del Museo del Prado. Estas etapas formativas (Thun, Ginebra, estudios con Menn, viajes a Basilea y Madrid) constituyen la base documentada de su formación artística.
Durante la década de 1880 atravesó dificultades económicas y episodios de rechazo crítico que marcaron su carrera: en 1880–81 ejecutó un autorretrato vigoroso que provocó reacciones cuando se mostró en Ginebra, y fue su primer envío aceptado al Salón de París, acto que representó una apertura hacia el circuito expositivo internacional. En los años siguientes trabajó como retratista, paisajista y pintor de escenas de género, y fue desarrollando proyectos de mayor formato que alternaron encargos, exposiciones locales y desplazamientos a centros artísticos del centro de Europa.
En lo personal, a mediados-finales de los años ochenta mantuvo una relación estable con Augustine Dupin, compañera y modelo de ese período; de esa unión nació su hijo Héctor Hodler, en 1887, quien años después sería figura activa en el movimiento esperantista. La paternidad de Héctor y la vida familiar de Hodler en esos años aparecen documentadas en registros biográficos y en la correspondencia y prensa de la época.
En lo afectivo y civil, Hodler contrajo matrimonio en dos ocasiones registradas: la primera unión conocida fue con Bertha Stucki, formalizada en 1889 y disuelta en 1891; más tarde conoció a Berthe Jacques, con quien contraería matrimonio en 1898 tras haberse conocido alrededor de 1894.
En 1889–1890 culminó y presentó obras de gran formato que suscitaron atención pública y polémica: una de ellas, conocida como “La Nuit” (La Noche), fue objeto de controversia en 1891 cuando, al ser presentada en Ginebra, fue considerada obscena por las autoridades locales y retirada de la sala, episodio que provocó un fuerte debate público y que en los meses siguientes llevó a la obra a ser mostrada fuera de esa exposición.
A partir de finales del siglo XIX y ya en el cambio de siglo, Hodler extendió su presencia en el circuito internacional: expuso con regularidad en ciudades como Viena, Berlín, Múnich y París, participó en salones y muestras de peso y fue objeto de adquisiciones y encargos que modificaron su posición económica y profesional.
A comienzos del siglo XX comenzó una relación con la modelo francesa Valentine Godé-Darel, a quien conoció en 1908; esa relación, mantenida sin que Hodler dejara de vivir oficialmente con su esposa, incluye el nacimiento de una hija, Pauline, en torno a 1913, y el grave episodio médico que afectó a Godé-Darel: a partir de 1913 fue diagnosticada con un tumor que motivó intervenciones quirúrgicas en 1914 y un deterioro hasta su fallecimiento en enero de 1915. Durante los meses de enfermedad y tras su muerte Hodler produjo numerosas obras y apuntes documentados en colecciones y archivos que registran esos trabajos y el calendario clínico de Godé-Darel.
En 1914, en el contexto de la Gran Guerra y de tensiones europeas, figura en los registros su firma en una petición de intelectuales de Ginebra que condenaba los bombardeos y daños sobre la catedral de Reims; su adhesión a esa declaración provocó reacciones entre colegas y organizaciones artísticas en Alemania y llevó, según las crónicas del momento, a sanciones y a la exclusión de Hodler de algunas asociaciones artísticas germanas, hecho reflejado en prensa y archivos de asociaciones culturales.
Los últimos años de su vida se vieron marcados por problemas de salud y por un trabajo continuado desde Ginebra: en 1917 se documenta un empeoramiento físico —episodios de edema pulmonar y estados de fuerte abatimiento— y la producción de vistas de la ciudad y del lago desde su domicilio, pinturas y apuntes que conservan las anotaciones de fecha y lugar; Hodler falleció en su apartamento de Ginebra el 19 de mayo de 1918, dejando obras incompletas y una correspondencia y archivo que acotan cronológicamente sus últimas actividades.