Jheronimus van Aken, miembro de una familia de pintores, nació alrededor de 1450 en la ciudad neerlandesa de 's-Hertogenbosch (bosque ducal, en castellano, algo desusado, Bolduque, en francés Bois-le-Duc), capital septentrional del ducado de Brabante en los actuales Países Bajos. De 's-Hertogenbosch, comúnmente llamada Den Bosch, tomó el nombre con el que iba a firmar algunas de sus obras. Su abuelo, Johannes Thomaszoon van Aken, fue uno de los pintores más importantes de s-Hertogenbosch a principios del siglo XV y, en palabras del historiador del arte Stefan Fischer, creó una «dinastía de pintores de cinco hijos», cuatro de los cuales llegaron a ser pintores (entre ellos Antonius).
No se sabe casi nada de su formación, ya que no dejó cuadernos, cartas, libros ni ningún otro objeto similar. Sin embargo, en los registros de la ciudad de s-Hertogenbosch de 1475, Hieronymus aparece como miembro del taller de su padre y se supone (bastante razonablemente) que su padre, y posiblemente uno de sus tíos, le enseñaron a pintar. Sin embargo, este conocimiento no nos acerca a la comprensión de las fuentes de la extraordinaria imaginación de Bosch.
Entre 1480 y 1481, Bosch se casó con la hija de un mercader llamada Aleid van der Mervenne. Algunos años mayor que él, Aleid era heredera de una generosa herencia, que incluía una propiedad familiar en la ciudad adyacente de Oirschot, donde la pareja se estableció. Se cree que el Bosco nunca viajó ni se alejó de su ciudad natal. Según Salvin (a través de Fischer), «Bosch se benefició de los fondos, las tierras y el estatus que venían con la unión, y estableció su propio taller poco después de que la pareja se casara. En este momento de su vida, Bosch se convirtió en un artista por derecho propio, y estaba preparado para establecer conexiones significativas con influyentes mecenas reales». De hecho, su nombre y su profesión aparecen citados en el registro municipal de s-Hertogenbosch en 1486 como "Insignis Pictor" (Pintor distinguido).
Se puede especular que, dado que s-Hertogenbosch estaba bajo el dominio del Imperio Romano, es probable que Bosch conociera a fondo el arte del Renacimiento, que estaba influyendo en los pintores flamencos. De hecho, en 1488, es decir, alrededor de los 40 años, Bosch se unió a la Hermandad de Nuestra Señora, una asociación religiosa formada por unos 40 de los ciudadanos más influyentes de 's-Hertogenbosch y otros 7.000 «miembros externos» repartidos por toda Europa. La Hermandad (de la que el padre de Bosch había sido asesor artístico) era devota de la Virgen y gozaba de gran respeto en toda la Europa católica. Se cree que algunos de los primeros encargos devocionales del artista llegaron a través de la Hermandad, aunque no se sabe con seguridad si alguna de estas obras ha sobrevivido.
A propósito de una de sus primeras obras conocidas, "Crucifixión con santos y donante" (c. 1480-1485), Fischer escribe que, «aunque se desconoce dónde fue expuesta originalmente, la pintura, como muchas otras imágenes devocionales de la época, fue creada para asegurar la salvación del alma del donante representado arrodillado al pie de la cruz». La Crucifixión con santos y donante es algo atípico en una obra que favorece las composiciones excéntricas, vertiginosas y desconcertantes, y el Bosco proyectaría más tarde su estilo idiosincrático en diversos temas religiosos». Sin embargo, el crítico de arte Tim Smith-Laing rebate: «A pesar de la singularidad de su obra, no hay pruebas que sugieran que el Bosco fuera, en ningún sentido, un outsider». Mientras que algunas investigaciones especulativas de los años 40 intentaron relacionarlo con un culto sexual herético llamado los adanitas, y mientras que el espíritu de los años 60 lo hacía alucinar con trigo ergotizado, la opinión académica dominante ofrece una imagen mucho más moderada [...] nada sugiere que el Bosco fuera otra cosa que un ciudadano prominente y próspero, un católico ortodoxo y un pintor devocional muy solicitado por los mecenas».
Mientras que otros artistas del norte de Europa también se dedicaban a producir narraciones bíblicas, el Bosco interpretaba el mismo tema de una manera tan peculiarmente original que chocaba de lleno con el armonioso y dominante estilo flamenco. Filtró estas historias a través de su imaginación, transformando las parábolas religiosas en nuevos y extraordinarios mundos fantásticos densos de absurdo y simbolismo. Fue en su «periodo intermedio», definido de forma muy imprecisa, cuando el estilo icónico del Bosco -con formas corporales contorsionadas y distorsionadas, colores vivos, follaje sobredimensionado y amenazador, y diversos demonios y reptiles- empieza a revelarse a través de una serie de cuadros de santos. Piezas como "San Jerónimo en oración" (c. 1485-90), y "San Juan Bautista en meditación" (1490) junto a "San Juan en Patmos" (1490-95), como partes laterales de un retablo perdido, que posiblemente fue un encargo de la Cofradía de Nuestra Señora.
Pero fue su "Tríptico de la Adoración de los Magos" (1494) el que a menudo se cita como su primera verdadera obra maestra. Encargada por Peeter Scheyfve y Agneese de Gramme de Amberes, la obra, que muestra la Misa de San Gregorio, aseguró efectivamente la reputación del artista, aunque en años posteriores no encajara bien con el «reconocimiento de marca» del Bosco. Como señala Smith-Laing: «Cuando el Bosco murió en 1516, ya era uno de los pintores más conocidos de su época; pronto se convirtió en uno de los más copiados e imitados. En los años 1530 [...] había surgido en Amberes toda una escuela de pintores que se dedicaba exactamente a eso - con ellos empezó a cristalizar la imagen visionaria del Bosco». Smith-Laing señala que cuando los «modernos profesionales del marketing» se interesaron por su obra, se referían al Bosco exclusivamente como «un proveedor de diabluras infernales» y que obras «tranquilamente [sic] contemplativas» como la Adoración de los Magos fueron ignoradas en gran medida.
A finales del siglo XV, un influyente astrólogo alemán advirtió que el «fin del mundo», provocado por una inundación catastrófica, se produciría precisamente el 25 de febrero de 1524. La idea del Juicio Final arraigó en la sociedad: Alberto Durero realizó una famosa acuarela en la que grababa un sueño en el que presenciaba el apocalipsis final (en forma de agua que caía del cielo a la tierra) y el Bosco pintó "El Juicio Final", que trataba el mismo tema pero con una imagen del Infierno poblada de diablos fantásticos, espíritus malignos, criaturas metamorfoseadas y simbolismo erótico. Entre ellos, Durero y el Bosco (y otras luminarias menores, sin duda) habrían colaborado con su arte, a la ansiedad a través de las filas de los creyentes.
Como ninguna de sus obras lleva fecha, no se puede saber con certeza cuándo terminó El Bosco El Juicio Final (aunque se calcula que entre 1482-1505). Pero Selvin escribe: «El Bosco empezó a emplear al menos a un ayudante en 1499 [y el hecho de que] pudiera contratar a un ayudante era señal de que había alcanzado el éxito». De hecho, con "Los siete pecados capitales y las cuatro últimas cosas" (c. 1500) -otra obra sobre el tema del Juicio Final y pintada sobre un tablero que debía servir para que un pecador reflexionara antes de entrar en la cabina del confesionario- se ha atribuido, al menos en parte, a la mano de un ayudante. En esta época, el Bosco realizó la obra maestra "La tentación de San Antonio" (1500), un tríptico que celebra la fuerza de la fe de San Antonio bajo la intensa coacción de las fuerzas del mal (volvería sobre la historia de San Antonio a lo largo de su carrera posterior). La visión del Bosco era cada vez más amplia. Sus figuras se volvieron más esbeltas, sus colores más sobrios, mientras que los mundos fantásticos que presentaba ofrecían escenas apocalípticas yuxtapuestas a paisajes bíblicos de una inocencia casi idílica.
"El jardín de las delicias" (1500-1505) es, sin duda, la mayor obra maestra del Bosco y su obra más emblemática (de hecho, muchos conocen su nombre sólo por esta obra). Su estilo había alcanzado ya la plena madurez con su Paraíso terrenal, en el que la creación y la tentación de la mujer se yuxtaponen a la perfección con imágenes profundamente angustiosas del mundo del libertinaje y la búsqueda del placer.
El carácter onírico y pesadillesco del cuadro se ha convertido en materia de mitología y presenta un sinfín de diminutas figuras humanas desnudas, animales deformes y criaturas ominosas que se cree que han sido conjuradas directamente de la desbordante imaginación del artista. Sin embargo, el Oxford Dictionary of Art and Artists afirma que, aunque obras como El jardín de las delicias tienen «un poder imaginativo extraordinariamente vívido y los temas están muy bordados con narraciones y símbolos subsidiarios [...] los temas básicos son a veces bastante simples y gran parte de la imaginería se puede explicar en términos de la cultura popular de la época del Bosco, en particular los proverbios y la literatura devocional». Añade que «en términos puramente visuales, los monstruos que pintó tienen analogías en las extrañas criaturas que se ven a menudo en los márgenes de los manuscritos medievales y en las gárgolas de la arquitectura gótica [y que incluso] la catedral de 's-Hertogenbosch tiene algunos buenos ejemplos [de estas gárgolas]».
Los historiadores han especulado con la posibilidad de que la figura del «Hombre Árbol» en el panel del Infierno de El jardín de las delicias fuera en realidad creada a imagen del artista, pero el dibujo del autorretrato de 1508 es el único autorretrato confirmado del artista. Se cree que fue dibujado ocho años antes de su muerte, y es factible que el Bosco «exagerara» deliberadamente su edad. En cualquier caso, el dibujo parece presagiar la necesidad del Bosco de dar un rostro a su legado, posiblemente a sabiendas de que se encontraba en las postrimerías de su vida. La Cofradía de Nuestra Señora dejó constancia de que el Bosco murió en 1516 y que se celebró una misa fúnebre el 9 de agosto en la iglesia de San Juan de s-Hertogenbosch.