Nacido en el verano de 1819 en la pequeña localidad rural de Ornans, cerca de los Alpes franceses, Courbet creció en un entorno pintoresco con una familia que le apoyaba. Le gustaban las actividades físicas vigorosas, como nadar con sus hermanas en el río Loue y jugar en los pastos y viñedos de la familia. En la escuela, Courbet disfrutaba siendo el centro de atención y entreteniendo a sus compañeros con su ingenio y encanto.
Aunque la educación general de Courbet fue sólida, su formación artística formal fue mediocre. A los catorce años recibió clases de un pintor neoclásico menor, lo que probablemente le proporcionó una base contra la que reaccionar. Gracias a la insistencia de su padre, estudió Derecho en una universidad local, pero se sentía desdichado hasta que un profesor de dibujo de la universidad le invitó a tomar clases de pintura en un estudio casero. Esto le dio más confianza en su potencial artístico y le convenció para dedicarse a su pasión.
A los 21 años, Courbet se traslada a París. No estudió en los estudios de ninguna de las muchas celebridades académicas de la época, ni se matriculó en el sistema académico superior para las artes de París, la École des Beaux-Arts. En su lugar, recibió algunas lecciones de maestros menos conocidos, pero sobre todo aprendió por sí mismo copiando cuadros de Caravaggio, Rubens y otros en el Louvre. En una visita a Holanda también pudo copiar cuadros de Rembrandt y Velázquez. Mientras los estudiantes de la Academia esperaban hasta un año para coger un pincel (ya que las clases de dibujo eran lo primero), Courbet se hizo su propio horario riguroso y se lanzó de cabeza a la pintura. A menudo repetía una y otra vez un cuadro clásico para descubrir sus secretos. Completa su estudio independiente pintando del natural y a partir de modelos pagados. De visita en Ornans, pinta a sus amigos y familiares.
Courbet también se lanzó a su personal visión del Realismo, que rechazaba cualquier tratamiento o retórica clásicos. Aunque esto era bastante radical en su época, seguía centrado en ser seleccionado para los Salones oficiales franceses. Pero, durante sus primeros siete años en París, sólo tres de sus 25 obras fueron aceptadas.
Durante su estancia en París, Courbet pintó siempre en clave realista. Por ejemplo, se apresuró a rechazar el encargo de pintar ángeles para una iglesia: «Enséñame un ángel y pintaré uno». En su lugar, pintó a la gente corriente en toda su gloriosa ordinariez, y no fue una sorpresa cuando, en 1848, el creciente grupo de amigos influyentes de Courbet le nombró líder del movimiento realista en París. El poeta Charles Baudelaire y el anarquista Pierre Proudhon formaban parte de este grupo de intelectuales que se empujaban unos a otros a desafiar las normas de la época.
También en 1848, con la República recién constituida, el Salón de París queda libre de jurados durante un año. Esto permitió que los diez cuadros presentados por Courbet fueran aceptados automáticamente, causaron una gran impresión y ayudaron al pintor a ganar una medalla de oro al año siguiente. Según las normas de la Academia, la medalla de oro otorgaba a Courbet inmunidad frente a futuros comités de selección, una exención de la que disfrutó hasta 1857, año en que se modificó esta norma. Sin esta protección, el "Entierro en Ornans" (1849), entre otros cuadros importantes, probablemente habría sido rechazado. Este enorme cuadro de confrontación es la muestra más audaz del realismo rural de Courbet. La gran escala a la que representa a la gente corriente atrajo una tormenta de críticas, ya que muchos críticos conservadores se sentían incómodos con el apoyo implícito del cuadro a la política democrática.
Irónicamente, poco después del estreno de Entierro en Ornans, el gobierno francés volvió a un Imperio autoritario bajo Napoleón III. Courbet se opuso firmemente a su gobierno, y con el tiempo el Emperador también tendría motivos para expresar su desagrado ante los desnudos de Courbet. En 1853, Napoleón III y su esposa Eugenia realizaron los gestos de desaprobación más memorables: se cuenta que, mientras paseaba por el Salón de París, Eugenia hizo un comentario de aprecio sobre el cuadro de Rosa Bonheur, "La feria de caballos", que exhibía enormes caballos de tiro desde una vista trasera. Poco después, frente al cuadro de Courbet "Las bañistas" (1853), en el que aparecen dos robustas campesinas bañándose en un arroyo, comentó que las modelos de Courbet se parecían a los voluminosos caballos de Bonheur; entonces, supuestamente, el Emperador golpeó el lienzo con el desnudo con su fusta.
Dos años más tarde, cuando tres de los más importantes de los catorce lienzos que Courbet presentó al jurado de la Exposición Universal de París de 1855 fueron rechazados, el artista inventó una forma de hacer negocios que resultó tan chocante e innovadora como sus cuadros. Desafiante, creó su propio pabellón fuera del recinto bajo el lema «Realismo», y expuso cuarenta cuadros de sus quince años de trabajo.
Durante la década de 1860, Courbet se centró en los desnudos eróticos, las escenas de caza, los paisajes y las marinas. En su obra subvierte aún más el clasicismo académico, promoviendo su nueva visión e inspirando a otros modernistas. Por ejemplo, su última serie de marinas señaló el camino a los impresionistas. EL agua que pinta Courbet es cruda y tangible, donde la pintura espesa sobre una superficie habla casi tan enérgicamente como la ilusión del agua misma.
Los desnudos de Courbet de esta década desafiaron las normas de su época y, en algunos casos, siguen siendo polémicos incluso en la actualidad. El más notorio, "El origen del mundo" (1866), muestra la parte inferior del torso y los muslos abiertos de una mujer. El artificio clásico se despoja y el espectador se ve obligado a centrarse en la visión más íntima de la anatomía femenina; Courbet dirige al espectador exactamente hacia dónde mirar e insinúa que mirar esa realidad pictórica debería ser aceptable. Este tratamiento franco del desnudo prefiguraba el erotismo descarnado de algunos pintores de principios del siglo XX, como Egon Schiele.
Durante la mayor parte de su carrera, Courbet no fue bien visto por la Academia Francesa y otras instituciones estatales. Pero en 1870 se le concedió la Legión de Honor, la mayor orden francesa al mérito, que Courbet rechazó. En su típica actitud rebelde, Courbet redactó una carta abierta en la que afirmaba que «el honor no está en un título ni en una cinta, sino en las acciones y en las motivaciones de esas acciones. El respeto a uno mismo y a sus ideas constituye la mayor parte de él. Me honro a mí mismo manteniéndome fiel a mis principios de toda la vida».
Courbet nunca se casó, a menudo alegando que su arte no le dejaba tiempo para sentar la cabeza. En 1872 le propuso matrimonio a una mujer muy joven, declarándole en una carta que, si aceptaba, sería envidiada en toda Francia, e incluso «renacería tres veces sin encontrar jamás una posición como ésta». Sin embargo, la mujer se negó y Courbet permaneció soltero toda la vida.
Cuando el Imperio francés fue finalmente aplastado en la guerra franco-prusiana, Courbet fue elegido presidente de la Comisión Republicana de las Artes bajo la efímera Comuna de París. Bajo su tutela se destruyó la columna de la plaza Vendôme, que Napoleón I había creado a partir del bronce de los cañones enemigos. El papel exacto de Courbet en la destrucción de la columna es incierto, y es posible que sólo pretendiera desplazarla. Sin embargo, la perdición de la columna condujo a la suya propia. Cuando la nueva Comuna fracasó rápidamente, Courbet fue enviado a prisión en 1871 durante seis meses, pasando la última parte de la condena en una clínica cuando enfermó. Esta tragedia dio paso a otra cuando en 1873 se le ordenó pagar personalmente 300.000 francos por la erección de una nueva Columna Vendôme. Ante esta factura imposible, se autoexilió en Suiza. Siguió pintando, pero nunca regresó a Francia. Murió en La Tour-de-Pails (Suiza) en 1877, a la edad de 58 años, a causa del alcoholismo y de una enfermedad hepática. Sus restos descansan en el cementerio de Ornans.