Émile Munier nació en París el 2 de junio de 1840 y vivió con su familia en el número 66 de la rue des Fossés, St. Marcel. Su padre, Pierre François Munier, era tapicero artista en la Manufacture Nationale des Gobelins, y su madre, Marie Louise Carpentier, trabajaba como pulidora en una fábrica de paños de cachemira. Émile y sus dos hermanos, François y Florimond, eran artistas talentosos y cada uno pasó algún tiempo en los Gobelins. En la fábrica, Abel Lucas entrenó a Munier como dibujante y desarrollaron una estrecha relación con Lucas y su familia, llegando Munier a casarse finalmente con la hija de Lucas, Henriette, en 1861. En 1867, Henriette dio a luz a un hijo, Emile Henri. Seis semanas después del parto, Henriette murió prematuramente a causa de una grave reumatismo que contrajo. Sargine Augrand, una estudiante de Lucas y amiga cercana de Émile y Henriette (antes de que ella muriera), llamó la atención de Émile; se casaron en 1872 y vivieron en un pequeño apartamento y estudio. La pareja tuvo una hija, Marie-Louise, nacida en 1874.
Durante la década de 1860, Munier recibió tres medallas en las Beaux-Arts y en 1869 expuso en el Salón de París. Se convirtió en un gran defensor de los ideales académicos y seguidor de Bouguereau, cuyo tema sería una importante inspiración para el joven Munier. La calidad del trabajo y la composición de Bouguereau se reflejan en las obras de Munier. Ambos se hicieron amigos cercanos y Munier visitaba con frecuencia el estudio de Bouguereau. Este último usaba los apodos "La sagesse" o "Le sage Munier" al referirse a Munier. El diseñador de vidrio Émile Gallé fue otro artista con el que se sabe que Munier trabajó desde alrededor de 1869.
Munier dejó de trabajar en la fábrica de tapices en 1871 y dedicó todo su tiempo a la pintura. También comenzó a impartir clases para adultos tres noches a la semana. En 1884, Leland Stanford, Jr., el único hijo del gobernador Leland Stanford de California y su esposa Jane Stanford, falleció a los quince años. Durante ese año, Jane Stanford encargó a Munier que inmortalizara a su hijo mediante una pintura. El óleo sobre lienzo titulado "Ángel consolando a su afligida madre" muestra al niño con la mano sobre el hombro de su madre, regresando a la Tierra como un ángel para consolarla. En la actualidad, en el siglo XXI, la pintura forma parte de una exhibición en el Centro Cantor para las Artes Visuales de la Universidad Stanford.
En 1885, pintó y exhibió en el Salón de París "Trois Amis" (Tres amigos). Esta pintura, que representa a una niña regordeta jugando en su cama con un gatito y un perro, fue una obra extremadamente exitosa, siendo reproducida en muchas formas y utilizada en carteles publicitarios por el jabón Pears. Con esta obra, Émile se afirmó como uno de los pintores de niños y sus mascotas por excelencia, y finalmente fue adquirida por un coleccionista estadounidense.
Entre sus muchos mecenas estadounidenses se encontraban Chapman H. Hyams y su esposa, quienes fueron importantes coleccionistas de pinturas francesas contemporáneas durante el siglo XIX y favorecían a artistas como Henner, Bouguereau, Gérôme, Vinel y Schreyer. Munier pintó su retrato en 1889, y este, junto con gran parte de su colección, ahora se encuentra en el Museo de Arte de Nueva Orleans.
Durante la década de 1890, Munier continuó pintando temas campesinos, mitológicos y religiosos. También retrató animales, escenas de pesca, paisajes y marinas. Muchas de sus obras presentaban a sus hijos como modelos, especialmente a su hija. En 1893, exhibió "L'esprit de la chute d'eau" en el Salón de París, una ninfa desnuda que guarda cierta similitud con "Naissance de Vénus" de Bouguereau.
En 1895, Munier pintó "La jeune fille et le panier de chatons" (La joven y la cesta de gatitos), pero el 29 de junio, pocas semanas después de cumplir 55 años, falleció.