Almeida Júnior creció en su ciudad natal de Itu como un artista precoz. Su primer apoyo fue del padre Miguel Correa Pacheco, cuando el pintor aún trabajaba como campanero en la Igresia Matriz de Nuestra Señora de la Candelaria, para la que realizó algunas obras de temática sacra . Una recaudación de fondos organizada por el sacerdote proporcionó las condiciones para que el joven artista, entonces de 19 años, viajara a Río de Janeiro para completar sus estudios.
En 1869, Almeida Júnior ingresó en la Academia Imperial de Bellas Artes. Fue alumno de Jules Le Chevrel , Victor Meirelles y, posiblemente, de Pedro Américo . Varias crónicas relatan que su manera sencilla y su lenguaje campesino causaron asombro a los miembros de la Academia. En palabras de Gastão Pereira da Silva:
"Fue el representante más auténtico y genuino del tipo tradicional paulista. Pero sin rasgos de hombre de ciudad. Hablaba como los primitivos provincianos y como ellos vestía, caminaba y se comportaba. Pero eso no le impidió seguir un brillante curso, durante el cual recibió varios premios en dibujo figurativo, pintura histórica y modelo vivo, entre ellos, en 1874, la gran medalla de oro con el cuadro 'Resurrección del Señor'"
Luego de finalizar el curso, Almeida Júnior optó por no competir por el premio viaje a Europa . Regresó a Itu y abrió un estudio en esa ciudad, comenzando a trabajar como retratista y profesor de dibujo.
En 1876 , durante un viaje al interior de São Paulo , el emperador D. Pedro II , impresionado con su obra, ofreció personalmente a Almeida Júnior el coste de un viaje a Europa, para perfeccionar sus estudios. Al año siguiente, un decreto del 23 de marzo de la Mayordomía de la Casa Imperial abrió un crédito mensual de 300 francos para que el pintor estudiara en Roma o París.
El 4 de noviembre de 1876, Almeida Júnior abordó el barco Panamá con destino a Francia , instalándose en el barrio parisino de Montmartre . Al mes siguiente, se matriculó en la École National Supérieure des Beaux-Arts . En esta institución fue alumno de Alexandre Cabanel y Lequien Fils , adquiriendo fama, desde temprana edad, en el dibujo anatómico y ornamental
Almeida Júnior participó de cuatro ediciones del Salón de París , entre 1879 y 1882 . Es de esta época que datan algunas de sus mayores obras maestras , como "O Derrubador Brasileiro" y "Remorso de Judas" (Salón de 1880), "A Fuga para o Egito" (Salón de 1881) y O Descanso do Modelo (Salón de 1882). Otras obras emblemáticas del periodo francés del pintor son "Arredores de París" y "Arredores do Louvre", además de posiblemente un conjunto de dieciséis lienzos que representan el barrio de Montmartre , cuya ubicación se desconoce actualmente.
Almeida Júnior permaneció en París hasta 1882. En ese año realizó un breve viaje a Italia , donde entró en contacto con los hermanos Rodolfo y Henrique Bernardelli
De regreso a Brasil, en 1882, Almeida Júnior realizó su primera exposición individual en la Academia Imperial de Bellas Artes, mostrando su producción parisina. Al año siguiente, abre su estudio en la Rua da Glória, en São Paulo , a través del cual contribuirá a la formación de las nuevas generaciones de pintores, entre los que se encuentra Pedro Alexandrino . En São Paulo, Almeida Júnior promovió aperturas exclusivas para la prensa y potenciales compradores. Pintó retratos de magnates del café , profesores de la Facultad de Derecho de São Paulo y partidarios del movimiento republicano , además de paisajes y pinturas de género.. Su desempeño como artista consagrado en São Paulo contribuyó decisivamente para la maduración artística de la ciudad de São Paulo.
En 1884 , expuso nuevamente sus lienzos del período parisino en la 26ª Exposición General de Bellas Artes de la Academia Imperial de Bellas Artes, que fue la última y seguramente la más importante exposición celebrada durante el período imperial. Con motivo de su presentación, el crítico de arte Duque Estrada haría el siguiente comentario:
Almeida Júnior es el más personal y, sin duda, uno de los que mejor sabe expresar, con toda la claridad y agudeza de un estilo bretón, temas tomados improvisadamente de una página de la Biblia, de la Historia o simplemente de la vida de todos los días y de todos los hombres.
En 1884 , el pintor recibió el título de Caballero de la Orden de la Rosa , concedido por el gobierno imperial . Al año siguiente, rechazó la invitación de Victor Meirelles para ocupar su puesto de profesor de pintura histórica en la Academia, permaneciendo en São Paulo. Entre 1887 y 1896 , realizó tres viajes más a Europa, el último de ellos en compañía de su discípulo, Pedro Alexandrino, luego becado por el gobierno de São Paulo.
En su último período, Almeida Júnior sustituiría progresivamente temas bíblicos e históricos por obras de temática regionalista, precisamente aquellas que le valdrían en el futuro su posición como precursor del realismo en la historia del arte brasileño . En cuadros como "Caipira Picando Fumo" (1893), "Amolação Interrompida" (1894) y "O Violeiro" (1899), el artista revela su deseo de acercarse a la vida cotidiana del hombre desde el interior, alejándose de las fórmulas generalistas de la pintura académica y acercándose cada vez más al enfoque pictórico naturalista. A pesar de su nueva orientación estilística, su prestigio permaneció indiscutido en la Academia, que expuso obras de su fase regionalista ("Leitura" y "Piquenique no Rio das Pedras" , 1892 ) y le otorgó la medalla de oro por "A Partida da Monção" (1894), expuesta en la Salón de 1898.
Almeida Júnior murió prematuramente, a los 49 años, el 13 de noviembre de 1899 . Fue apuñalado frente al Hotel Central de Piracicaba , (hoy demolido), por José de Almeida Sampaio, su primo y esposo de Maria Laura do Amaral Gurgel, con quien el pintor mantuvo una relación secreta durante varios años.
