Aunque su lugar en la historia del arte es incuestionable, la obra del Bosco sólo está representada por unas 25 pinturas y ocho dibujos. Una de las razones de esta escasa representación se debe a un periodo del siglo XVI en el que los miembros de la Reforma protestante destruyeron muchas obras consideradas inmorales. Seis de sus obras fueron compradas o confiscadas por Felipe II de España a finales del siglo XVI (ahora propiedad del Museo del Prado de Madrid), y otras surgieron por toda Europa, lo que ha dejado una historia bastante fragmentaria y en maceta de uno de los artistas más singulares del panteón.
El Bosco fue uno de los primeros artistas en representar conceptos abstractos en su obra, a menudo mediante el recurso narrativo del tríptico. Críticos e historiadores han descubierto numerosos temas contemporáneos en sus narraciones -ecológicos, sociales, políticos-, pero sus obras más reconocibles, incluida su mayor obra maestra, El jardín de las delicias (1490-1510), están repletas de simbolismo religioso y del tema general de la eterna lucha moral de la humanidad entre la imprudencia y la virtud.
Conocido por muchos como el «creador de demonios» y proveedor de disparates y sátiras pictóricas, sus cuadros han resultado muy difíciles de desentrañar para críticos e historiadores. De hecho, Bosch, que en España era conocido como «El Bosco» y fue venerado mucho antes del renacimiento del interés por su obra en el siglo XIX, es considerado a menudo como el «primer surrealista» y fue descrito por el famoso psicoanalista Carl Jung como el «descubridor del inconsciente» original.
En general, la técnica pictórica empleada por el Bosco no difiere sustancialmente de la de sus contemporáneos. El cuadro fue pintado sobre un panel de madera con pintura al óleo. Los inventarios antiguos mencionan obras de su mano sobre lienzo de pintura de lino, pero si eran auténticas, en cualquier caso se han perdido. El panel estaba provisto de un fondo de pintor o gesso a base de cal sobre el que se aplicaba una pintura de fondo. En todos los cuadros cuya atribución al Bosco es indiscutible, el panel era de roble de la región del Báltico - teniendo en cuenta que esta característica era de nuevo un criterio para decidir la autenticidad.
La «paleta» del Bosco - por la que podemos entender tanto la elección del color o colorite como tal como los pigmentos utilizados - tampoco fue muy divergente. La saturación variaba desde muy ligera, en el caso de los grisailles cuyo colorido, al fin y al cabo, es característico, hasta considerable como en el colorido Jardín de las Delicias. Los pigmentos se eligieron de una gama estándar que casi todos los pintores aplicaban, ya que hacia 1500 sólo se conocía un número limitado de sustancias que podían utilizarse como colorantes en las pinturas al óleo. En 2014 se dieron a conocer los resultados del examen microscópico de los pigmentos en las capas de pintura originales del Juicio Final de Viena atribuido al Bosco por muchos expertos. El negro presente era negro de lámpara, es decir, hollín. El blanco es blanco de plomo. Para los amarillos se utilizaron el ocre amarillo y el amarillo de plomo-estaño, más brillante. El verde se compone de resinato de cobre, el azul de azurita. Los tonos rojos proceden del ocre rojo, el bermellón más brillante y el kermes más rosado.
A diferencia de otros pintores neerlandeses, como Jan van Eyck, cuya técnica era suave y exacta, la pincelada del Bosco es enérgica y variada. Su fino ojo para el detalle se debe a sus primeros trabajos como dibujante, que le convirtieron en el primer artista neerlandés en presentar dibujos como obras independientes (en lugar de preparatorias).