Malhoa fue un pintor de paisajes, escenas costumbristas y de género, retratos y desnudos, saltando de un género a otro sin la menor preocupación por la ideología o el estilo. Alegre y comunicativo, creó una visión relajada y optimista de la vida, una obra inmensa que lo popularizó y en la que el país encontró su identidad.
La imagen que nos dio de la realidad portuguesa de la época es la "otra cara de la moneda" que nos dio su contemporáneo Columbano, pintor intimista de colores apagados, pintor oculto de cosas y almas. Los paisajes de Malhoa son casi siempre el soporte de narraciones. Rara vez pintaba el paisaje por el paisaje. Una excepción a la regla es el cuadro de 1918, Otoño, en el que Malhoa experimentó, sin consecuencias futuras, con la división de tonos y una técnica puntillista.
Es dentro de las escenas de género de temática rural -las costumbres y tradiciones portuguesas, los trabajos y amores del pueblo, las fiestas religiosas o paganas... "que pinta sonriendo y cantando, todos los días, de sol a sol" (Ramalho Ortigão)- donde encontramos algunos de sus cuadros más emblemáticos: A Volta da Romaria (1901); Os Bêbados (1907); O Fado (1910); As Promessas (1933). Hacia las décadas de 1920 y 1930, Malhoa comenzó también a representar a la burguesía en sus cuadros de género, realizados con pincelada fuerte, fuertes manchas de luz y colores contrastados, como Hortenses, de 1923 o À Beira-Mar - Praia das Maçãs, de 1926.
Recibió encargos de composiciones históricas y decorativas para diversos lugares, como el Tribunal Supremo, el Ayuntamiento de Lisboa, los palacios Lambertini y Burnay, el palacio de Ajuda, la Escuela de Medicina y los museos de Carrozas y de Artillería de Lisboa. Además de los retratos de gente corriente que aparecen en sus cuadros de género, pintó innumerables retratos de la aristocracia y de habitantes más o menos adinerados de la ciudad.