La obra de John William Waterhouse se caracteriza por una notable coherencia estilística a lo largo de toda su carrera. Aunque comenzó influido por el neoclasicismo victoriano y más tarde adoptó rasgos del prerrafaelismo, nunca abandonó del todo un estilo suave, cargado de atmósfera y misterio, en el que predomina un romanticismo latente. A partir de 1900, bajo la influencia del impresionismo, su paleta se volvió más clara y luminosa, y sus composiciones ganaron en serenidad, aunque sin perder su identidad.
Sus cuadros pueden agruparse en dos grandes vertientes temáticas: por un lado, las obras de inspiración clásica, especialmente nutridas de la mitología grecolatina, y por otro, aquellas de inspiración medieval y literaria, en las que destacan los temas tomados de Shakespeare, Dante, Tennyson o Keats. La mitología fue una fuente constante, con referencias tomadas de autores como Homero y Ovidio. Algunas de sus pinturas representan episodios de La Odisea, Las metamorfosis o leyendas heroicas. En paralelo, cultivó escenas literarias británicas, sobre todo a partir de 1880, cuando se intensificó su interés por la poesía victoriana y los relatos artúricos.
Uno de los aspectos más recurrentes en su iconografía es la figura femenina. Waterhouse desarrolló un repertorio visual centrado en mujeres enigmáticas, a menudo dotadas de un aura trágica o fatalista. Personajes como Ofelia, Circe, Mariana, Lamia o la Dama de Shalott aparecen una y otra vez en su obra, representadas con una mezcla de melancolía, belleza sensual y poder simbólico. La figura de la “mujer fatal”, vinculada al mito, la poesía o la leyenda, es uno de los ejes temáticos que atraviesan su producción. A través de estos personajes femeninos, exploró estados anímicos complejos, como la espera, la contemplación, la desesperación o la hechicería.
Algunas obras muestran una atmósfera cercana al ocultismo, especialmente "El círculo mágico" (1886), en la que una hechicera traza un círculo ritual sobre un suelo polvoriento, rodeada de símbolos arcanos y animales con significación simbólica, como un cuervo, una serpiente y una rana. La escena sugiere aislamiento y poder, reforzado por el uso de composiciones circulares y la verticalidad dominante de la figura central. Este interés por lo esotérico ha llevado a algunos estudiosos a especular con la posibilidad de que Waterhouse haya estado vinculado a círculos ocultistas como la Golden Dawn, aunque no existe documentación concluyente que lo confirme.
Obras como "La dama de Shalott" (1888) destacan por la precisión en la ambientación emocional: la escena muestra a la protagonista en su bote, rodeada por una atmósfera otoñal que acentúa su desamparo. La disposición de los objetos y los reflejos en el agua contribuyen a una lectura cargada de simbolismo, sin renunciar a un realismo minucioso. En "La sirena" (1900), el ambiente húmedo y oscuro sugiere un mundo de deseo contenido y tragedia latente, mientras que "Hylas and the Nymphs" (1896) representa una escena mitológica con un erotismo sutil, donde las figuras femeninas adquieren una sensualidad inquietante.
Entre sus obras más reconocidas se encuentran también "Ofelia" (1889 y otras versiones), "Circe ofrece la copa a Ulises" (1891), "Eco y Narciso" (1903), "La bella dama sin piedad" (1893), "Miranda" (1916) y "Tristán e Isolda" (1916). Estas piezas muestran tanto la diversidad de fuentes literarias como la unidad estilística de su lenguaje pictórico, en el que se conjugan el detalle minucioso, la atmósfera emocional y el uso simbólico del color y el paisaje.