En su obra alcanzó un nivel de realismo asombrosamente sofisticado, desconocido hasta entonces en el arte de la pintura. Joyas resplandecientes, metales reflectantes, satenes y terciopelos exuberantes e incluso carne humana eran representados con sus propias cualidades distintivas y con un grado de naturalismo tan elevado que parecía que hubiera conjurado un nuevo medio artístico. Un siglo después de su muerte, el pintor florentino e historiador del arte Giorgio Vasari atribuyó al pintor neerlandés la invención de la pintura al óleo, un mito que perduró hasta bien entrado el siglo XIX. Pero incluso cuando esta leyenda se extinguió, se reserva el título de «Padre de la pintura al óleo» y se le atribuye la invención del retrato moderno, con su enigmático Hombre con turbante rojo y su desconcertante escena de género, El retrato Arnolfini. Además, la búsqueda de su milagrosa y notoriamente secreta receta para la pintura ha continuado a lo largo de los siglos, resistiendo el escrutinio de los entendidos, la conservación y los siempre cambiantes avances de la tecnología de radiografía en busca de la verdadera fórmula de su lustroso y perdurable óleo. Las preguntas, una vez respondidas, sólo conducen a más preguntas.
Jan van Eyck fue uno de los líderes de la pintura flamenca del siglo XV gracias a sus innovaciones en el uso de la perspectiva óptica y el manejo de la pintura al óleo. Las transiciones graduales entre zonas de color eran ahora posibles gracias al tiempo de secado más lento de la pintura al óleo que, en comparación con el temple al huevo, permitía utilizar los colores de forma más específica para representar la perspectiva, el espacio profundo y el modelado realista. Aunque el fantasma de su hermano Hubert, suscitado por la dedicatoria de Jan que figura en el Retablo de Gante, ha suscitado dudas sobre la verdadera autoría de ésta y otras obras tempranas, lo que queda claro es que la gran cantidad de documentación y elogios concedidos a Jan durante su vida y después de ella eclipsa la escasez de materiales relativos a la carrera de Hubert.
Alistair Smith, antiguo conservador de pintura flamenca y alemana de la National Gallery de Londres, describió: «Tanto en términos del desarrollo del medio al óleo como del naturalismo, Jan van Eyck es uno de los fundadores de la pintura moderna». De hecho, el alcance de van Eyck ha sobrevivido con creces a su propia época, en la que fue una gran influencia para otros pintores del norte, como sus contemporáneos Rogier van der Weyden e incluso las obras posteriores de Robert Campin, y sus sucesores, entre ellos Petrus Christus y, más tarde, Hans Memling. En particular, en un viaje a Gante en abril de 1521, el famoso pintor y grabador renacentista alemán Alberto Durero fue llevado a ver el Retablo de Gante, donde describió: «... acababa de ser tomado por algo grandioso. Entonces vi el cuadro de Jan van Eyck; es una pintura preciosísima, llena de pensamiento. La Eva, María y Dios Padre son especialmente buenos». Durero absorbió muchas facetas del estilo de van Eyck, además de la naturaleza precisa de su naturalismo, también evocó su retrato de tres cuartos, creando una firma estilizada, y señalaron los historiadores del arte Jeroen Stumpel y Jolein van Kregten, su «contraste eyckiano entre lo muy cercano y lo muy lejano».
La influencia de los posteriormente llamados Primitivos flamencos pareció debilitarse a medida que el renacimiento clásico de la pintura italiana se trasladaba gradualmente a las regiones septentrionales de Europa. Sin embargo, las colecciones de importantes obras neerlandesas pasaron a nuevas manos, sobre todo en 1516 a Margarita de Austria, regente de los Habsburgo en los Países Bajos, cuyas obras heredó más tarde, a través de María de Hungría, el rey Felipe II de España, donde fueron anotadas por primera vez en un inventario de 1558. Aquí, una pintura menor de las hijas de Felipe puede haber estado influida por las posturas del famoso Retrato Arnolfini de van Eyck. Lo que se reconoce más ampliamente es la influencia de esta pintura en la famosa Las Meninas del preciado pintor de la corte de Felipe IV y figura principal del barroco español, Diego Velázquez. En esta última obra, el uso similar que hace el pintor español de un espejo para completar la narrativa visual y conceptual del cuadro ha resultado tan desconcertante para los estudiosos como la obra anterior de van Eyck. Las Meninas de Velázquez influirían, a su vez, en el pintor romántico Francisco José de Goya y Lucientes, como queda patente en los grabados realizados sobre la obra maestra de Velázquez junto con la representación de la familia real realizada por el propio Goya, aunque con un sentido de la ironía. Durante el Romanticismo se reavivó el interés por el Renacimiento septentrional, así como por los logros de los artistas y arquitectos que trabajaron en la época gótica.
El Retrato Arnolfini, aparentemente pequeño y sin pretensiones, volvería a llamar la atención tras llegar a manos de la Galería Nacional de Londres en 1842, más de 400 años después de que el acaudalado comerciante lo encargara por primera vez. Fue en esa época cuando un grupo de jóvenes artistas rebeldes de la Real Academia Británica intentaron acabar con la influencia del presidente fundador, Sir Joshua Reynolds, al que bautizaron con el condescendiente nombre de Sir «Sloshua» Reynolds, y con siglos de lo que describían como mimetismo de los maestros del Renacimiento, Rafael por encima de todos los demás. Para los prerrafaelitas, como se les llamaba colectivamente, la sorprendente veracidad de este pequeño cuadro se hacía eco de los finos detalles que se veían en las primeras fotografías, un proceso recién inventado. Este cuadro era casi premonitorio en su modernidad. Una reciente exposición en la National Gallery de Londres, titulada Reflections: van Eyck and the Pre-Raphaelites (2017-2018) continuó la exploración de esta relación centrándose de cerca en el uso del espejo por parte de este último grupo de artistas. El estilo de van Eyck y los primitivos flamencos también se acredita como un elemento clave del alejamiento de Grant Wood de sus primeros lienzos impresionistas, ambos de los cuales vio durante sus primeros viajes por Europa. Más recientemente, artistas asociados con el movimiento surrealista pop contemporáneo, entre los que se encuentran figuras destacadas como Mark Ryden y Marion Peck, marido y mujer, consideran a los maestros flamencos y a Jan van Eyck una influencia temprana clave.