Fantin-Latour es ampliamente reconocido por una serie de piezas florales y bodegones suntuosos y exquisitamente detallados. Sin embargo, también produjo otras obras importantes, en particular varios retratos grupales prestigiosos de artistas y escritores contemporáneos. Sus retratos grupales se consideran hoy documentos históricos vitales, ya que reunieron a muchas figuras clave asociadas con el surgimiento de la vanguardia francesa, incluidos Ingres, Delacroix, Corot, Manet y Baudelaire. No obstante, aunque estaba estrechamente vinculado a este grupo, Fantin-Latour permaneció algo al margen, ya que su propio arte tenía sus raíces en la pintura del Siglo de Oro holandés del siglo XVIII. Aunque era un artista firmemente arraigado en la tradición realista, estaba dispuesto a explorar una paleta más expresiva a través de sus incursiones en narrativas míticas basadas en importantes obras operísticas. En su etapa tardía, Fantin-Latour llevó su interés por la ópera más lejos al dar vida a narrativas de interpretación a través de una serie de litografías finamente ejecutadas.
Animado por el pintor estadounidense James McNeill Whistler (1834-1903), a quien conoció en 1858 en el Louvre, realizó varias estancias en Londres entre 1859 y 1881. En la década de 1860, cultivó el género del bodegón, que desempeñaría un papel fundamental en su carrera. Fantin-Latour encontró reconocimiento en Inglaterra por sus composiciones de flores y frutas, en un momento en que la pintura impresionista francesa aún no estaba muy extendida allí. Se decía que sus bodegones eran "prácticamente desconocidos en Francia durante su vida". Gracias a Whistler, conoció a su cuñado Francis Seymour Haden y al grabador Edwin Edwards, y fue en Londres donde aprendió el grabado.
Su decisión de dedicarse a los bodegones puede parecer sorprendente en la época del impresionismo; sin embargo, la elección de este tema no fue casual. En la jerarquía de géneros establecida por la Academia de Bellas Artes desde el siglo XVII, el bodegón de frutas o flores se consideraba una categoría menor. Al ignorar cualquier contexto literario, religioso o histórico, que supuestamente otorgaba valor y nobleza a la obra, adoptó una postura opuesta al academicismo. Edwin y Ruth Edwards, sus mecenas y comerciantes ingleses, le recomendaron que siempre usara jarrones y superficies de mesa simples para destacar su gran talento en la representación de texturas y colores.
Los bodegones de Fantin-Latour también fueron muy apreciados en los Países Bajos en su época. En la Exposición de Maestros Vivos de Ámsterdam, en 1889, uno de sus bodegones con rosas se vendió por 2.000 florines, una suma considerable para entonces. Los marchantes de arte holandeses de Ámsterdam vendieron regularmente obras de Fantin-Latour hasta la década de 1930. Muchas de estas obras terminaron en museos holandeses como el Rijksmuseum, en Ámsterdam, y el Museo Kröller-Müller, en Otterlo.
Fantin-Latour continuó trabajando en retratos, a través de los cuales finalmente estableció un segundo punto de apoyo en el mercado. Ganó mayor reconocimiento y prestigio por sus retratos grupales de artistas contemporáneos, que recibieron elogios por su virtuosismo excepcional y su delicado trabajo de pincel. Sus retratos confirmaron su relación con otros contemporáneos, incluido James Abbott McNeill Whistler, con quien compartía una estrecha afinidad artística.
Complementando su trabajo anterior con grupos, Fantin-Latour produjo varios retratos "domésticos" refinados. Renderizados con una paleta de colores suaves y presentando a miembros de la familia y conocidos cercanos ocupados en actividades cotidianas, estos retratos debían mucho al estilo del Siglo de Oro holandés y al pintor francés del siglo XVIII Jean-Baptiste Siméon Chardin.
Aunque (con razón) reconocido como realista, Fantin-Latour encontró éxito con temas más fantásticos que anticiparían las convenciones del simbolismo. Sus narrativas operísticas y mitológicas fueron representadas con un pincelado poético y sin esfuerzo, y una paleta más animada y multicolor.